När förvaltningsdomstolen har allt det material den behöver i ärendet fattar den sitt beslut. Beslutet sänds till parterna per post. I brådskande ärenden kan de också underrättas på annat sätt.

I beslutet deltar minst tre domare. Beslutet fattas utgående från fördragandens förslag. I ärenden som gäller mentalvård, barnskydd, utvecklingsstörda, missbrukarvård och smittsamma sjukdomar deltar två domare och en sakkunnigledamot. I behandlingen av ärenden enligt vattenlagen och miljöskyddslagen deltar en eller flera domare som är sakkunniga i teknik eller naturvetenskaper.

Förvaltningsdomstolens beslut kan i allmänhet överklagas till högsta förvaltningsdomstolen. Men t.ex. i skatteärenden får förvaltningsdomstolens beslut överklagas bara om högsta förvaltningsdomstolen beviljar besvärstillstånd. Bara i några få kategorier av ärenden är det helt förbjudet att överklaga förvaltningsdomstolens beslut.

Högsta förvaltningsdomstolen är den förvaltningsdomstol som i sista hand avgör om förvaltningsbesluten är lagenliga och rättvisa.

Förvaltningsdomstolen ger en besvärsanvisning tillsammans med sina beslut.