Kun kaikki asian selvittämiseksi tarvittava aineisto on koossa, hallinto-oikeus tekee asiassa päätöksen. Päätös lähetetään asianosaisille postitse. Kiireellisissä asioissa päätöksestä voidaan tiedottaa muutenkin.

Päätöksen tekemiseen osallistuu vähintään kolme tuomaria. Päätös tehdään asian esittelijän päätösehdotuksen perusteella. Mielenterveys-, lastensuojelu-, kehitysvamma-, päihdehuolto- ja tartuntatautiasioissa päätöksentekoon osallistuu kaksi tuomaria ja asiantuntijajäsen. Vesilain ja ympäristönsuojelulain mukaisten asioiden käsittelyyn osallistuu yksi tai useampi tuomari, joka on tekniikan tai luonnontieteiden asiantuntija.

Hallinto-oikeuden päätöksestä saa yleensä valittaa korkeimpaan hallinto-oikeuteen. Esimerkiksi veroasioissa saa hallinto-oikeuden päätöksestä kuitenkin valittaa vain, jos korkein hallinto-oikeus myöntää valitusluvan. Valittaminen hallinto-oikeuden päätöksestä on kokonaan kielletty vain eräissä harvoissa asiaryhmissä.

Korkein hallinto-oikeus on ylin hallintotuomioistuin, joka viimeisenä asteena ratkaisee kysymyksen hallintopäätöksen lain- ja oikeudenmukaisuudesta.

Hallinto-oikeus antaa päätöksensä yhteydessä valittamista koskevat ohjeet.